マルチサイトでテーマを変更する方法です。マルチサイト化してもヘッダーやフッターが共通化されている状態だと思いますが、新規追加したサイトのテンプレートを変更することが可能です。
1.参加サイトから、サイトネットワークの管理→サイト
2.サイトを編集の設定からTemplateの箇所をテーマのフォルダ名を指定することによって使用するテンプレートの変更が可能になります。
マルチサイトはサイトごとにテーマを変えたり、使用プラグインの組み合わせを変更することができるので、汎用性を持ちつつ、サイトを一元管理できるというメリットがあります。
マルチサイトに対応しないプラグインもあり、
一般的に単一でのサイトでのみ運営するケースが多いため、マイナーなプラグインやテーマファイルの場合、マルチサイト対応を行なっていないケースがあります。