チェックボックスがチェックされているのをすべて一から判定するのは時間がかかってしますので、
チェックされていないチェックボックスの個数が0の考え方で、
$('#checkBtn').click(function(){ if ( $("input[type=checkbox]:not(:checked)").size() == 0 ) { }else{ alert("すべてチェックされていません"); }
上記のように記述すると、すべてのチェックボックスがチェックされていない場合のアラート文を表示させることができます。