JavaScriptの記述場所といえばheadの内部に記述するケースが多いと思いますが、
bodyの終了タグの直前に記述するケースも増えてきました。
ページの最後にjsを記述する利点として、
script要素の記述位置によってページの表示速度が変わるということです。
javascriptを読み込んでいる時間HTMLの表示が止まってしまうため、WEBサイトが表示されるのが遅くなってしまいます。
なので、jsをページ末尾に記述してやることで、ページ全体の描画画を止めることなく、スムーズに表示させることが可能になります。
ユーザーのボタン操作や、ページが表示されてから機能するjsなどや、アクセス解析用のタグなどは、ページ下部で機能させてもよいですが、
パララックスなどのスクロールして、jsが機能していないと表示されないようなページの作りの場合などhead内に記述したほうが良い場合もありますので、
レイアウトや表示スピードを見て、読み込み位置を調整したほうがよいでしょう。